Autokudeatutako erakunde akonfesionala da, eta bere zuzendaritza-organoa, Gobernu Batzordea, hamar kidek osatzen dute. Kide horiek Batzar Nagusiko bazkide titularren artetik aukeratzen dira, bi urterako.

Gobernu Batzordea hilero biltzen da, ohiko moduan; Ohiko Batzar Orokorra, berriz, SAN FELIPEko bazkide titular guztiei dei egiten die, eta urtean behin egiten da, gai-zerrenda batekin. Gai-zerrenda horrek aurreko ekitaldiko kudeaketa-memoria eta balantzea eta emaitza-kontua, aktuario kolegiatuaren auditoretza eta deskargu txostenek berretsirik, aurkeztu eta onartzera behartzen ditu, eta, azkenik, ekitaldiaren aurrekontuarekin, zenbatekoak eta kuotak ezartzearekin eta Gobernu Batzordeko karguak berritzearekin amaitzen du.